南京大学谭皓月获国家专利权
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龙图腾网获悉南京大学申请的专利一种内分泌干扰物定量活性的预测方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN119380859B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-04-17发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202411622127.7,技术领域涉及:G16C20/30;该发明授权一种内分泌干扰物定量活性的预测方法是由谭皓月;张荣;史薇;靳金沙;宾明杰;常葆迪设计研发完成,并于2024-11-14向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种内分泌干扰物定量活性的预测方法在说明书摘要公布了:本申请公开了一种内分泌干扰物定量活性的预测方法,涉及内分泌干扰物的虚拟筛查领域,包括:获取核受体体外实验数据,并剔除实验数据中的重复数据,以及剔除不包含简化分子线性输入规范SMILES表示的化合物集;采用分子指纹方法,提取化合物的一级、二级和三级特征结构。针对每一个化合物簇,构建基于机器学习或定量read‑across的定量预测模型,用于预测化合物的定量活性值;针对现有技术中内分泌干扰物定量活性预测效率低,本申请提取化合物的多级结构特征,针对不同规模的化合物结构簇构建相应的定量预测模型。通过分子对接和分子动力学模拟,从结构生物学角度研究内分泌干扰物与核受体的相互作用机制等,提高了效率。
本发明授权一种内分泌干扰物定量活性的预测方法在权利要求书中公布了:1.一种内分泌干扰物定量活性的预测方法,包括: 获取核受体体外化合物数据,并剔除重复的化合物数据,以及剔除不包含简化分子线性输入规范SMILES表示的化合物数据,得到化合物信息数据集A1; 对化合物信息数据集A1进行预处理,得到质控后的化合物信息数据集A2; 根据质控后的化合物信息数据集A2,采用分子指纹方法,提取化合物的一级、二级和三级特征结构,其中:一级特征结构表示引起内分泌干扰效应的化合物结构片段;二级特征结构表示用于区分化合物是否具有内分泌干扰效应的化合物结构片段;三级特征结构表示区分化合物内分泌干扰效应类型的化合物结构片段; 根据提取的一级特征结构、二级特征结构和三级特征结构,构建化合物分类模型,将化合物信息数据集A2中的化合物分为有无内分泌干扰效应以及不同干扰效应类型的化合物簇; 针对每一个化合物簇,构建基于机器学习或定量read-across的定量预测模型,用于预测化合物的定量活性值;其中,当化合物数量大于预设阈值时采用机器学习方法,当化合物数量小于等于阈值时采用定量read-across方法; 从化合物信息数据集A2中,选择具有代表性的活性化合物,包括: 从化合物信息数据集A2中,选择属于不同化学结构类型的内分泌干扰化合物,作为待研究的内分泌干扰化合物; 从RCSB数据库中获取与选择的内分泌干扰化合物相互作用的核受体晶体结构,晶体结构包含核受体的配体结合域LBD; 采用分子对接方法,将选择的内分泌干扰化合物与获取的相应核受体晶体结构的LBD进行分子对接模拟,计算每个内分泌干扰化合物与相应核受体LBD的结合自由能; 基于计算得到的结合自由能,筛选得到与相应核受体LBD结合自由能低于阈值的内分泌干扰化合物,作为与相应核受体LBD具有较高结合能力的活性化合物,作为相应核受体的具有代表性的活性化合物; 从化合物信息数据集A2中,选择具有代表性的活性化合物,还包括: 根据质控后化合物数据集A2中的每个化合物的AC50值,将化合物划分为高活性或低活性化合物,得到高活性化合物子集和低活性化合物子集; 从RCSB数据库中,获取与高活性或低活性化合物相互作用的核受体的晶体结构数据;其中,晶体结构数据包含核受体的配体结合域LBD; 以每个高活性或低活性化合物为配体,以获取的相应核受体LBD晶体结构为受体,采用分子对接方法进行配体-受体复合物的构建,并计算每个配体-受体复合物的结合自由能; 在高活性化合物子集中,筛选得到与相应核受体LBD结合自由能低于第一阈值的化合物,作为相应核受体的高活性代表化合物; 在低活性化合物子集中,筛选得到与相应核受体LBD结合自由能高于第二阈值的化合物,作为相应核受体的低活性代表化合物;其中,第一阈值小于第二阈值; 对具有代表性的活性化合物,进行分子对接和动力学模拟分析,获取活性化合物与核受体的结合模式和诱导构象变化机制,包括: 以核受体的未结合状态构象apo作为受体起始结构,将得到的高活性代表化合物和低活性代表化合物分别与相应的apo构象组装成配体-受体复合物; 对配体-受体复合物进行平衡模拟,得到配体-受体复合物的分子动力学轨迹帧; 根据分子动力学轨迹帧,比对高活性代表化合物和低活性代表化合物与相应内源性配体在LBD中的结合模式差异,其中,内源性配体指与各核受体天然结合的小分子化合物; 统计分子动力学轨迹帧中高活性和低活性代表化合物与核受体LBD之间的氢键和范德华相互作用,并计算氢键和范德华相互作用在配体-受体结合中的贡献; 计算分子动力学轨迹帧中十二螺旋H12对apo构象的RMSD值,并获取H12在配体结合诱导下的构象重排情况,以揭示活性化合物诱导核受体构象变化的动力学机制。
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